本廟主祀神天后聖母，陪祀神鐵甲將軍(蛙神)、臨水三夫人(陳、李、林)、威武將軍、通天府二郎神。該廟始建於清同治十二年，該廟存有石碑一方可資佐證。民國六十八年(癸亥年)最後一次翻修，由陳天官等鄉紳發動鄉人集資，由北高工兵部隊協助興建。建廟碑文崁在壁上。廟楹聯云：「聖稱無極居太上以遍三千，尊上立穹步虛清而登九五」、「廟貌巍峨地靈人傑、神功浩蕩物阜民豐」。

主祀神天上聖母(媽祖娘娘)其傳說如南竿馬港天后宮。

芹壁村最為特殊的是對鐵甲將軍(蛙神)的崇拜，甚於其他神祇。據說芹壁村有次擺暝時供奉滿桌祭品，杯中並斟滿高粱酒，私塾夫子正主持請神儀式時，突然見到青蛙躍攀香案，並喝起杯中高粱酒，私塾夫子有經驗地說，這是蛙神「鐵甲將軍」，此後，凡有祭典必沽高粱酒供蛙神飲用成例。福建長樂一帶常流傳蛙神傳說於鄉野，施鴻保所著《閩雜記》〈青蛙將軍〉一節(卷五)即有所載。傳說青蛙神除了喜歡喝高粱酒外，還喜歡看閩劇，有一日，芹壁港外突然駛來一艘麻纜(大型漁船)，船上載著戲班和道具，村民訝異並未至內地請戲班，他們所為何來？戲班主答說：「是一位老先生預付演出費後，選定戲碼，言明至芹壁演出。」村民始悟是鐵甲將軍亦愛看戲，且欲神人同樂之故。鐵甲將軍亦時有保境驅敵的事蹟，根據鄉老傳說：清季民初閩海常有海盜出沒，有次海盜船集結芹壁外海，準備打劫芹壁，村民危急之際禱於鐵甲將軍，不多久蛙神點兵抗之，海盜從船上瞭望岸上官兵甚多，難以下手，知難而退，於是蛙神拯救村民免於劫難的傳說廣為流傳。

通天府靈犬求人的故事，見碑文記載，通天府祀神為二郎楊戩，其犬為哮天犬，故事情節散見民間小說。威武陳將軍信仰為隨村民自福建長樂鶴上鎮陳姓宗族移居芹壁所帶來。（本文資料來源：中研院文化資源地理資訊系統。芹壁境天后宮http://crgis.rchss.sinica.edu.tw/temples/LienchiangCounty/beigan/90070264004-THG）